Нужно ли вести раздельный учет НДС при перевозках?

Здравствуйте!
Не могу понять, суть раздельного НДС. Помогите, пожалуйста, разобраться.
Организация ОСНО оказывает услуги транспортной экспедиции. До недавнего момента у нас перевозки были с НДС 20% и 0%. Но это облагаемые НДС операции и вопросов не возникало.
Сейчас появились перевозки Без НДС, пока их не много. В части доходов на счете 90.1 у нас есть разделение НДС 20%, 0%, Без НДС.
А как быть с расходами? У нас есть расходы Без НДС  которые относятся как на облагаемые, так и не облагаемые операции. А есть и те которые относятся только к не облагаемым, например услуги по предоставлению транспорта Без НДС, которые мы потом тоже своим контрагентам перевыставляем Без НДС. За квартал примерно 1% расходов Без НДС в общей сумме расходов.  
Т.к. % в этом квартале маленький, то могу не вести раздельный учет пока? На будущее хочется понять суть.
"Если не вести раздельный учет НДС, тогда вход­ной НДС нель­зя ни при­нять к вы­че­ту, ни учесть в рас­хо­дах" - вообще не пойму, как НДС участвует в прибыли? 
Есть в программе документ "Распределение НДС косвенных расходов" его заполняем ежеквартально перед составление декларации по НДС. Для меня он тоже не понятен, как он там что распределяет.
Прошу помощи у тех, кто ведет раздельный учет, объясните пожалуйста как вы делаете это на практике, теория в этом вопросе мало понятна мне🤯